У червні 1940 року її забрав НКВС – Матір Йосифу звинувачували у зв’язках з ОУН. З того моменту вона пережила 47 допитів, що супроводжувалися побоями. Лише початок Другої світової війни врятував Йосифу Вітер від розстрілу, й вона знову поринула у працю на релігійній та національній ниві. Ігуменя продовжила доброчинну діяльність, катихизацію дітей у підпільній церкві, опіку над сестрами… До останніх днів свого страдницького життя вона служила людям і Богу.